Aparentemente, el problema se debe a que el compilador JIT (Just In Time Compiler), de .NET Framework, intenta compilar c?digo que no existe en el equipo, provocando un tiempo de espera que produce el enlentecimiento de la m?quina.

Si usted padece ese problema despu?s de haber instalado el parche MS07-040, el blog de Microsoft aconseja la siguiente soluci?n:

1. En Windows Vista o superior, haga clic en el bot?n “Iniciar”, “Todos los programas”, “Accesorios”, bot?n derecho sobre “S?mbolo del sistema” y seleccione “Ejecutar como administrador”.

2. En Windows 2000, XP, y 2003, haga clic en “Inicio”, “Ejecutar”, escriba CMD.EXE y pulse Enter.

En .NET, el c?digo administrado se ejecuta en un entorno llamado CLR (Common Language Runtime).

Si es la primera vez que se ejecuta, el CLR inicia el compilador “Just in time” (JIT) encargado de generar el c?digo maquina para la plataforma de hardware en la que estemos. Si el c?digo ya ha sido compilado y ejecutado con anterioridad, entonces CLR crear? un cach? que nos permitir? agilizar el c?digo en las siguientes llamadas sin tener que compilar de nuevo.

NGEN.EXE crea una imagen nativa a partir de un ensamblado administrado y la instala en la cach? de im?genes nativas del equipo local. Al ejecutarla, el ensamblado se carga y se ejecuta con mayor rapidez ya que restaura las estructuras de datos y c?digo en la cach? de im?genes nativas en lugar de generarlas din?micamente.

NOTA: Si recibe el mensaje “El sistema no puede hallar la ruta especificada.”, puede ser que no tenga instalada la versi?n de .NET Framework afectada. Examine si en la carpeta “C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework”, existe la subcarpeta “v2.0.50727″. Si existe, compruebe no haber cometido errores en la l?nea de comandos anteriores. Si no existe, usted no ser? afectado por este problema.

M?s informaci?n:

KB928365 for MS07-040 Leaves Some Managed Applications Sluggish
http://blogs.msdn.com/heaths/archive/2007/07/13/
kb928365-for-ms07-040-leaves-some-managed-applications-sluggish.aspx